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Sur scène, Mike Patton apparait ou se comporte parfois de manière peu orthodoxe. Aux débuts de Mr. Bungle, lui et le reste du groupe portaient des masques. Patton et les membres de Tomahawk portent souvent des uniformes d'agents de police. Pendant un concert avec Tomahawk, le 10 mars 2002, Patton urina sur le public, tout en continuant de chanter. Suite à l'incident, Patton a déclaré qu'il ne s'agissait pas de son pénis, mais d'un godemichet à eau qu'il avait dissimulé dans son pantalon dans les coulisses. Pendant que Faith No More jouait "Epic" aux MTV Music Awards de 1990, Patton gesticula sur scène pour imiter le poisson du clip.Pendant son troisième concert avec Faith No More, Patton se blessa la main droite accidentellement avec une bouteille brisée. Cette blessure endommagea les nerfs et les tendons de sa main, et les médecins pensaient qu'il ne pourrait plus utiliser sa main. Contrairement aux prédictions des médecins, Patton peut toujours utiliser sa main, mais a perdu tout sens du toucher sur celle-ci. Pendant ses concerts avec Faith No More, Patton effectuait plusieurs fois des saltos, mais atterrissait douloureusement sur le dos, tout en continuant de chanter. Lors du concert de Faith No More au Sziget Festival 2009, fraichement reformé, Patton n'hésite pas à dévorer sur scène le lacet d'une chaussure qui lui a été lancé, avant de bruyamment le recracher, son micro devant la bouche, puis de le jeter au public. Patton est également un fan des Lakers de Los Angeles, et a porte des maillots de l'équipe occasionnellement.